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Notre première série chaussures puma de tests Beast visait à estimer la fréquence d'horloge moléculaire de notre segment des lignées de puma. Nous avons supposé un processus de Yule pour l arbre antérieur et incorporé une horloge moléculaire relâchée lognormale non corrélée. Afin de mieux répondre aux attentes du processus de Yule, nous n'avons inclus que cinq haplotypes de puma divergents, ainsi que les deux séquences de jaguarundi générées ici. Pour calibrer l'horloge moléculaire.

Nous avons supposé que les pumas et les jaguarundis divergeaient entre 3,16 et 6,01 MYA (95% HPD de l'estimation rapportée par Johnson et al. (2006) en utilisant une supermatrix nucléaire). Nous avons appliqué un uniforme avant en utilisant ces âges comme puma suede noir limites minimales et maximales conservatrices, respectivement. La dernière analyse était basée sur 10 8 générations MCMC, avec des échantillons prélevés toutes les 10 4 étapes et les 10 premières étapes supprimées lors de l inactivation.

La deuxième série d claquette puma analyses de Beast visait à déduire l époque de l ancêtre commun le plus récent (t MRCA) de différents groupes d échantillons, ainsi qu à reconstituer l historique démographique des pumas en estimant les fluctuations passées de la taille de la population via le tracé bayésien de la Skyline ( BSP) (Drummond et al., 2005). Nous avons supposé un arbre Bayesian Skyline avant et une horloge moléculaire stricte, dont le taux d'évolution était basé chaussure puma femme sur l'estimation tirée de la première série d'analyses.

Nous avons évalué le t MRCA pour quatre ensembles d'échantillons différents: (i) échantillon complet; ii) Amérique du Sud uniquement; (iii) Amériques du Nord et centrale (NA NCA); et (iv) un sous-ensemble de 24 échantillons d'ANC de NA qui ont formé un sous-groupe endémique régional dans le réseau d'haplotypes, suggérant une diversification autochtone (voir Résultats). Les analyses BSP ont été effectuées uniquement pour les ensembles (i) et (ii).

Lorsque la séquence de M. trumani était incluse dans le réseau (figure 2B), la longueur de l'alignement de la séquence était réduite à 286 pb pour correspondre au segment disponible pour ce groupe de sortie. En raison de cette réduction du nombre de sites, le réseau est devenu moins résolu, puma suede platform mais les résultats suggèrent toujours que le groupe externe était plus étroitement connecté aux pumas d'Amérique du Sud et du Sud de l'Amérique centrale qu'aux haplotypes du Nord de l'Amérique centrale et du Nord.

Les analyses bayésiennes effectuées avec Beast ont également permis de mieux comprendre les pumas de la démographie historique révélés par l ADNm. Lors de la première série d'analyses, utilisant cinq individus présentant les haplotypes les plus divergents et deux jaguarundis, nous avons estimé le taux de substitution du segment ND5 analysé à 2,054% par million d'années. En [img]http://www.setteottavi.com/images/chaussure/puma suede platform-558vgt.jpg[/img] appliquant ce taux de substitution dans le deuxième ensemble d'analyses.